Dentre as principais instituições já conveniadas com o NEMA, destacam-se:
Centro de Mamíferos Aquáticos – CMA/IBAMA
Comissão Interministerial para os Recursos do Mar – CIRM
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico – CNPq
Fish and Wild Life Service – FWS/US
Fundação AVINA
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul – FAPERGS
Fundação Estadual Proteção ao Meio Ambiente – FEPAM
Fundação Pró-TAMAR
Universidade Federal do Rio Grande, RS – FURG
Fundacion Vida Silvestre Argentina - FVSA
Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação - FNDE/MEC
Fundo Nacional do Meio Ambiente – FNMA/MMA
Instituto Albatroz
Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais – IBAMA
Ministério da Educação e do Desporto – MEC
Ministério do Meio Ambiente dos Recursos Hídricos e da Amazônia Legal – MMA
Organização das Nações Unidas para a ciência, educação e cultura - UNESCO
Órgão Gestor de mão de obra do trabalho portuário avulso do porto avançado de Rio Grande - OGMO,
Prefeitura de Rio Grande
Prefeitura de São José do Norte
Prefeitura de Mostardas
Prefeitura de Osório
Prefeitura de Santa Vitória do Palmar
Prefeitura de Tavares
Prefeitura de Palmares do Sul
Prefeitura de Torres
Programa de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico - PADCT/CAPES
Projeto de Conservação e Utilização Sustentável da Diversidade Biológica Brasileira - PROBIO
Proyecto Karumbé – Uruguai
Secretaria Especial do Cassino – SEC
Secretaria Estadual de Educação e Cultura - SEC-RS
Secretaria Municipal de Educação e Cultura de Rio Grande - SMEC
Superintendência do Porto do Rio Grande - SUPRG
WWF- World Wildlife Fundation